Vasárnap sem volt kegyes az időjárás a Forma-1-es mezőnyhöz Fudzsiban, sőt, a szombati naphoz képest még rosszabbra fordult minden, ugyanis folyamatosan esett az eső.

Éppen emiatt a mezőny nem rajtolhatott el a szokásos menetrendnek megfelelően, a safety car mögött kezdődött meg a körözés. A körülmények sokáig nem javultak, így a Japán Nagydíj első körei meglehetősen unalmasak voltak.

A két Ferrari azonban pillanatok alatt a mezőny végére került. Az olaszok ugyanis a "rajt" előtt a mezőnyből egyedüliként nem az extrém esőgumikat, hanem az átmeneti, úgynevezett intermediate abroncsokat tették fel, ám gyorsan kiderült, ezek alkalmatlanok a közlekedésre. Éppen emiatt Felipe Massa, majd Kimi Räikkönen is a bokszba hajtott kerékcserére, ám mivel ilyenkor nem vehetik vissza rajtpozíciójukat, ezért mindketten a mezőny végére kerültek.

A mezőny végül 18 kör után lódulhatott meg, a biztonsági autó ekkor állt ki. Lewis Hamilton megtartotta első helyét Fernando Alonso előtt, de az ezüstnyilak mögött már történt egy s más.

Sebastian Vettel például az előtte autózó Nick Heidfeld és Jenson Button koccanását kihasználva feljött a harmadik helyre. Alexander Wurz megcsúszott, és eltalálta Felipe Massát. Az osztrák versenye véget ért, a ferraris azonban folytathatta.

A mezőnyből többen is úgy tettek meg néhány kört, hogy némely alkatrészük sérült volt. Jenson Button és Takuma Szato is körökön keresztül első vezetőszárny nélkül, illetve sérült első szárnnyal körözött.

Felipe Massa időközben letudta bokszutca áthajtásos büntetését, melyet azért kapott, mert a felvezető körben megcsúszott, Heidfeld elment mellette, de a brazil visszaelőzte a BMW-t, ezt pedig nem lett volna szabad.

Az élmezőnyből elsőként Fernando Alonso állt ki tankolni a 28. körben, majd érkezett Lewis Hamilton is. A brit csapattársa, és legnagyobb ellenfele, Alonso elé jött vissza, de kettejük közt négy olyan pilóta is beszorult, akik még nem jártak a bokszban.

A McLarenek szervizelését kihasználva Sebastian Vettel állt az élre. A fiatal német első helyét a Toro Rosso nagytestvérének számító Red Bull Racing ausztráljának, Mark Webbernek adta át, amikor kiállt a bokszba.

A két McLaren a tankolás miatt nehezebb volt a többieknél, így sorra mentek el Hamilton és Alonso mellett is, igaz mindkét vb-éllovasnak voltak meleg pillanatai. Előbbi Kubica, utóbbi Vettel segítségével pördült meg, de folytathatták mindketten. A BMW lengyel pilótája azonban később áthajtásos büntetést kapott manővere miatt.

A pályán közben továbbra sem javultak a körülmények, az eső folyamatosan esett, az autók által húzott vízfüggönyben pedig szinte semmit sem láttak a pilóták az előttük zajló eseményekből.

Az élen Heikki Kovalainen után néhány körön keresztül renault-s csapattársa, Giancarlo Fisichella autózott, de miután az olasz is a bokszba hajtott, akkor újra Hamilton állt az élre.

Kimi Räikkönennek újra ki kellett állnia, mivel nem volt elegendő üzemanyag az autójában, így a finn ismét visszaesett. Fernando Alonso azonban még rosszabbul járt. A spanyol autója ugyanis a 42. körben a pályát övező falnak csúszott. A McLaren a pályán állt meg, így azonnal beküldték a safety cart is. Ezen időszak alatt sorra érkeztek a pilóták a bokszba az utolsó kerékcserére.

A biztonsági autó mögött Hamilton, Webber, Vettel, Kovalainen, Massa, Coulthard, Fisichella és Heidfeld autózott pontszerző helyen. Räikkönen kilencedik volt.

Még a biztonsági autó mögött, 22 körrel a vége előtt a nap hőse cím felé száguldó Vettel hátulról belecsúszott a második helyen körözgető Webberbe, így a Red Bull család rögtön elvesztette két autóját, és két esetleges dobogós helyezését is. Webber a pálya mellett parkolt le és dühösen elhajította kormányát, míg Vettel a bokszba evickélt, de bal első kereke kitört.

A 2. és 3. helyezett kiválása után Kovalainen és Massa vette át ezt a két előkelő pozíciót. Miután a biztonsági autó elengedte a mezőnyt, Hamilton továbbra is az élen autózott. A brit jó tempót tudott diktálni, hiszen előtte senki nem volt, így a látási viszonyok is számára voltak a legjobbak.

A verseny utolsó szakaszában megsokasodtak a kiesők is. Nico Rosberg, Ralf Schumacher és Anthony Davidson sem látta meg a kockás zászlót.

Kimi Räikkönen megelőzte David Coulthardot, a finn a 4. helyre lépett fel. A finn előtt csapattársa, Felipe Massa haladt, akit a Ferrari csapat 10 körrel a vége előtt kihívott a bokszba kerékcserére. A Räikkönen így már harmadik volt, és üldözőbe vehette Kovalainent.

Az élen közben nem történt változás, Hamilton megnyugtató előnyre tett szert, és száguldott a győzelem felé.

A bokszban is egyre többen fordultak meg, a verseny végéig ugyanis többen sem bírták volna ki üzemanyaggal. A futamból már csak 5 kör volt hátra, de a kétórás limit eléréséig már csak néhány perc hiányzott, így valószínűsíthető volt, hogy a mezőny nem teljesíti a 67 kört.

Mégsem így történt, Hamiltont az eredeti terveknek megfeleően 67 kör megtétele után intették le Kovalainen és Räikkönen előtt.A dobogóhoz legközelebb David Coulthard volt, a skót negyedik lett. A Renault a dobogós helyezés mellé egy ötödik pozíciót is begyűjtött Giancarlo Fisichella révén. Felipe Massa az utolsó körben támadást indított Robert Kubica ellen, a két autó nem egyszer össze is ért, többször is elhagyták a pályát, és végül a brazilé lett a hatodik, a lengyelé a hetedik hely. Vitantonio Liuzzi megszerezte a Toro Rosso idei első pontját, bár ha Vettel nem esik ki a harmadik helyről, akkor ez a termés gazdagabb is lehetett volna.

Nick Heidfeld autója két körrel a vége előtt a bokszutca kijáratánál mondott csődöt, pedig a BMW pilótája pontszerző helyen haladt. Adrian Sutil is közel járt a pontszerzéshez, a német kilencedikként ért célba a Spykerrel.

Győzelmének köszönhetően Hamilton 12 pontra ellépett Alonsótól, és a ferrarisokkal szemben is növelte előnyét. Ezek után egyértelműen az idei sorozat elsőszámú esélyesévé lépett elő, a hátralévő két futamon ezt az előnyt kell beosztania.

A futam után néhány órával a versenytestület 25 másodperces büntetést rótt ki Vitantonio Liuzzira, aki az 55. körben sárga zászlós jelzésnél előzte meg Adrian Sutilt. Az olasz így egy hellyel hátrébb került, és elvesztette a 8. helyezést, és a vele járó egy pontot. A büntetés következményében a Spyker csapata és Adrian Sutil örülhetett pontszerzésnek.